Фамилия Бакбергенова принадлежит к числу тюркских фамилий, распространённых у казахов, каракалпаков, ногайцев и отчасти у башкир. Её мужской вариант — Бакбергенов. Основа фамилии — составное мужское имя Бакберген, которое на тюркских языках (прежде всего казахском) означает «дарованный Богом» или «данный Всевышним». Первая часть «бак» (или «бек») восходит к тюркскому слову «бог, господин, владыка», но в данном контексте чаще выступает как эпитет божества. Вторая часть «берген» — причастие от глагола «беру» (давать), то есть «давший», «дарованный». Таким образом, имя Бакберген — это аналог славянского имени Богдан или арабского Атаулла: ребёнка так называли, чтобы подчеркнуть, что он — долгожданный дар свыше.

Фамилия образована по русской модели: к основе Бакберген добавлен патронимический суффикс -ов, который в тюркских фамилиях прижился в XIX–XX веках при русификации документов. Окончание -а указывает на женскую форму фамилии. Если бы фамилия осталась в исконной тюркской традиции, она могла бы звучать как Бакбергенулы (сын Бакбергена) или Бакбергенкызы (дочь Бакбергена).

Интересно, что в этой фамилии нет географической привязки к конкретному региону России, но её носители чаще всего встречаются в Западном Казахстане (Актюбинская, Западно-Казахстанская области) и в приграничных районах Оренбуржья. Это связано с историей кочевых родов Младшего жуза, среди которых имя Бакберген было популярно в XVIII–XIX веках. Встречается также вариант написания Бакбергенов с одной «н» — это результат упрощения при записи в паспортных столах.

С точки зрения социального контекста, фамилия не указывает на дворянское происхождение. Её носители — потомки скотоводов или воинов-кочевников, у которых имя-оберег было призвано защитить ребёнка от злых духов и подчеркнуть божественное покровительство. В современном Казахстане фамилия распространена, но не входит в число самых частотных.