Фамилия Бакеркин — один из тех случаев, когда внешне понятный корень обманчив, а суффикс указывает на неочевидную модель образования. На слух она кажется «тюркской» или «восточной», но словообразовательный разбор ведёт в другую сторону.

Основа фамилии — Бакерк- (или Бакерка). Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от названий профессий, прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. То есть исходное прозвище человека — Бакерка. Что оно могло значить? Самая вероятная версия — это искажённое или диалектное произношение слова бакалейщик (торговец бакалеей). В русских говорах «бакалейщика» могли называть «бакерщик», «бакерка» — от «бакеря» (упрощение «бакалея»). Так прозвали человека, который торговал чаем, сахаром, пряностями и прочими «колониальными» товарами.

Вторая, менее распространённая гипотеза — связь с тюркским именем Бакыр (в значении «медь, медный»). Тогда «Бакерка» — это русифицированная форма тюркского прозвища, а фамилия Бакеркин — «сын Бакерки». Однако для фамилий на -ин, образованных от тюркских основ, обычно характерна форма без промежуточного суффикса (например, Бакыров), а здесь мы видим русский уменьшительный или прозвищный суффикс -к(а), что делает версию с торговцем более правдоподобной.

Географически фамилия редкая. Её можно встретить в центральных регионах России, а также в Поволжье, где исторически было много смешанного русского и тюркского населения. Встречаются варианты написания: Бакеркин и Бокеркин (через «о» — след акающего произношения).

Социально предки носителя фамилии, скорее всего, были мещанами или крестьянами, занимавшимися мелкой торговлей. Фамилия не дворянская, не священническая — она из бытовой, «ремесленной» среды. Точных сведений о дате первого упоминания нет, но по модели образования (суффикс -ин от прозвища на -ка) её можно отнести к XVII—XVIII векам, когда такие фамилии активно формировались у посадского населения и крестьян.