Фамилия Бахеркин — редкий пример русской фамилии, образованной не от имени или профессии, а от прозвища, связанного с конкретным действием или свойством человека. Основа здесь — слово «бахерь» или «бахер», которое в русских говорах имело значение «хвастун», «бахвал». Глагол «бахерить» означал «хвастаться, говорить громко и пусто». Человека, склонного к таким повадкам, и прозвали Бахером. Суффикс -кин указывает на принадлежность: Бахеркин — сын Бахера.

Интересно, что в отличие от более распространённых фамилий с суффиксом -ин (типа Пушкин, Кузьмин), здесь основа не имя, а прозвище с отчётливой отрицательной окраской. Такие фамилии часто давали в крестьянской среде не по доброй воле, а как уличное прозвище, которое потом закреплялось за потомками. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели описываются как характерные для северных и центральных говоров, где суффикс -ин присоединялся к основам на -а, -я. Фамилия Бахеркин могла возникнуть именно в этих регионах.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с немецким словом Bäcker (пекарь). Но для этого нужно предполагать, что фамилия пришла от немцев-колонистов, а затем обрусела с суффиксом -кин. Однако в таком случае форма скорее была бы Бекеркин или Беккеркин. Исходное русское «бахер» звучит убедительнее: оно прямо объясняет и звучание, и смысл.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией нет. Встречается она редко, преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. Носители фамилии Бахеркин могли быть людьми с ярким, возможно, неуживчивым характером — именно такое прозвище давали тому, кто «бахерит», то есть говорит громко и не по делу.