Фамилия Бахера — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — это окончание -а. В русских фамилиях такое окончание типично для форм женского рода (например, Смирнова, Иванова) или для украинских и белорусских фамилий, где -а может быть частью основы. Однако в случае Бахеры мы, скорее всего, имеем дело не с типичной русской моделью, а с иноязычным корнем, который просто «обрусел» под влиянием местной грамматики.

Самая вероятная версия — немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке слово «Bacher» означает «ручей» или «поток» (от Bach — ручей). Фамилия Бахер (Bacher) довольно распространена в Германии и Австрии, а также среди евреев-ашкеназов. В таком случае фамилия Бахера — это русифицированная форма исходной фамилии Бахер. Окончание -а могло появиться в документах при переписи населения, когда писарь на слух записывал фамилию в женском роде (как «жена Бахера») или просто адаптировал её к местному произношению. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть выходцем из немецкоязычных земель, чья профессия или место жительства были связаны с ручьём, или же это был еврей, носивший фамилию Бахер по топонимическому принципу (от названия местечка Бахера, например, в Баварии или Чехии).

Другая, менее вероятная, но возможная версия ведёт в тюркские языки. В некоторых тюркских наречиях «бахер» или «бахир» может означать «весенний», «свежий» или быть личным именем. Однако эта гипотеза слабее: в русских фамилиях тюркские корни чаще оформляются суффиксами -ов/-ев, а не голой основой на -а. Если бы фамилия была тюркской, мы бы скорее встретили Бахерова.

Географически фамилия Бахера встречается в России крайне редко, в основном на юге и в центральных областях, что косвенно подтверждает её пришлый характер: носители могли быть потомками немецких колонистов, переселившихся в Россию при Екатерине II, или еврейских семей из черты оседлости. Поскольку фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), её носители вряд ли принадлежали к крестьянскому сословию центральной России — скорее, к городским или ремесленным слоям.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, что делает Бахеру изолированным случаем. Если сравнить её с фамилией Бахтин, то там корень совсем другой (от слова «бахта» — хвастать). Бахера же стоит особняком, и её разгадка — в буквальном значении «человек у ручья» или, если принять еврейский вариант, «родом из Бахеры».