Фамилия Бахлицкий — один из тех случаев, когда география прозрачно указывает на происхождение рода. В основе фамилии лежит название деревни Бахлица, которая существует и сегодня в Пушкиногорском районе Псковской области. Такой тип фамилий — «топонимический», или «географический» — был распространён среди духовенства, шляхты и крестьян, переселявшихся из одного села в другое. Человек, переехавший из Бахлицы в другое место, получал прозвище Бахлицкий, то есть «тот, кто из Бахлицы».

Суффикс -ский (в женском роде -цкая) — один из самых характерных для польской, украинской, белорусской и русской аристократической и церковной ономастики. В Речи Посполитой окончание «-ский» указывало на принадлежность к шляхетскому сословию и владение землёй (например, Замойский — владелец Замостья). Однако на практике такие фамилии быстро распространились и среди крестьян, особенно после отмены крепостного права, когда бывшим помещичьим крестьянам давали фамилии по названиям деревень.

Версия о немецком корне Bach («ручей») через прозвище Бахлер менее вероятна, хотя и возможна. В таком случае фамилия прошла бы через польскую или белорусскую переработку: немецкое «Бахлер» могло превратиться в «Бахлицкий» по аналогии с типичными славянскими топонимическими моделями. Но для этого нужно было бы предположить, что предок-немец поселился в местности, название которой затем «подтянуло» его прозвище под местный стандарт, — цепочка сложная и без документальных подтверждений.

Сама деревня Бахлица в Псковской области — небольшая, её название, скорее всего, происходит от диалектного слова «бахлить» (говорить громко, шуметь) или от личного имени Бахло, которое в древненовгородских говорах означало «крикун» или «хвастун». Таким образом, фамилия Бахлицкий может быть двойной этимологией: через название деревни, которое само произошло от прозвища, — то есть в конечном счёте от характера или поведения первого поселенца.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых русских фамилий. Встречается в основном на северо-западе России (Псковская, Новгородская области) и в Беларуси, что подтверждает её локальный псковский корень. О точном времени возникновения говорить сложно: процесс закрепления фамилий в этой местности шёл с XV по XIX век, и Бахлицкие могли получить фамилию как в XVI веке (если речь о шляхте или духовенстве), так и в середине XIX века (если о бывших государственных крестьянах).