Фамилия Бакитжанова образована от мужского личного имени Бакитжан, распространённого в мусульманской среде. Это составное имя, и его разбор помогает понять, что вкладывали в него родители, нарекая сына. Первая часть — Баки — восходит к арабскому корню со значением «вечный», «живущий вечно». Вторая часть — Тжан (в некоторых диалектах произносится как Джан) — тюркское или персидское слово, означающее «душа». Соединившись, эти корни дают имя, которое можно истолковать как «вечная душа» или «живущая вечно душа» — пожелание долгой жизни или духовной чистоты.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Бакитжанова — это типичный пример русской патронимической фамилии, адаптированной к грамматическим нормам русского языка. Суффикс -ов- (в женской форме -ова) указывает на принадлежность: Бакитжанова — дочь или жена Бакитжана. В среде тюркских и кавказских народов, где имена с компонентом «джан» встречаются часто, фамилии на -ов/-ев стали массово оформляться в XIX–XX веках при взаимодействии с русской административной системой.

Сам процесс становления фамилии был длительным и неоднородным. В разных регионах — от Поволжья до Средней Азии — потомки человека по имени Бакитжан могли получить фамилию в разное время. Поэтому точное место и время возникновения рода Бакитжановых можно установить только в ходе целенаправленного генеалогического поиска по конкретным архивным записям.

Интересная деталь, которая отличает эту фамилию от многих других: в ней сохранилось стяжение двух основ без соединительной гласной. В отличие, например, от фамилии Бакитдинов (где -т- соединяет части), в имени Бакитжан звук «т» на стыке — результат озвончения или диалектного произношения исходного арабского «Баки» перед звонким «дж». Это делает фамилию фонетически характерной для казахской, татарской или башкирской языковой среды, где подобные стяжения — норма живой речи.