Фамилия Бакотина — редкий пример фамилии, образованной не от личного имени или профессии, а от названия древнего города. Основа — топоним Бакота, который носил крупный политико-административный центр Подолья на берегу Днестра. В летописях Бакота упоминается с 1024 года, а в XIII веке была важнейшим городом Галицко-Волынского княжества. Археологи находят здесь следы языческих святилищ и курганных захоронений — значит, эти места были плотно заселены задолго до письменной истории.

О происхождении самого названия Бакота спорят до сих пор. Есть две версии. Первая ведет его к румынскому «бокота» — «кусок хлеба»: возможно, местные жители славились торговлей зерном. Вторая гипотеза разбивает слово на приставку «ба» и корень «кот»/«хот», что якобы означает «желанное, чудесное место». Какая из них вернее — неясно, но обе указывают на давнюю и оседлую культуру этих земель.

Фамилия Бакотина — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, который в русской ономастике означает «чей?»: сын, потомок, человек из рода Бакоты. То есть носитель фамилии — не выходец из города Бакоты (тогда была бы форма Бакоцкий или Бакотьев), а потомок человека, которого прозвали Бакота за долгую жизнь или связь с этим местом. Такая модель типична для северных и центральных областей России, куда переселенцы с Подолья принесли прозвище как родовое имя.

Интересная деталь, которая редко встречается в статьях о фамилиях: с Бакотой связана подводная легенда о семисаженном каменном отпечатке стопы Будды на дне реки Смотрич. Частично её подтверждают подводные исследования, но к этимологии фамилии это имеет лишь косвенное отношение — разве что подчёркивает, насколько мифологизированной была эта земля для разных культур.

Самой фамилии Бакотина нет в словарях распространённых русских фамилий (Унбегауна, Никонова), что говорит о её редкости. Встречается она в основном в центральной России и на юге, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне и казаки с запада. Сословно предки Бакотиных, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские роды с такой фамилией в исторических документах не зафиксированы.