Фамилия Бакотин — редкий пример русской фамилии, в основе которой лежит не прозвище или имя, а название древнего города. Речь о селе Бакота (сейчас — село в Хмельницкой области Украины на берегу Днестра). В летописях Бакота впервые упомянута в 1024 году, а в XIII веке была крупным политико-административным центром Подолья, входившего в Галицко-Волынское княжество. Археологи нашли здесь следы языческих святилищ и курганные захоронения — значит, эти берега были плотно заселены с доисторических времен.

Название города — спорное. По одной версии, оно восходит к румынскому «бокота» — «кусок хлеба»: возможно, местные жители торговали хлебом с соседними селениями. По другой гипотезе, Бакота означает «желанное, чудесное место» (где «ба» — приставка, а корень «кот» или «хот» — «желанный»). Встречается и экзотическая легенда, частично подкрепленная подводными исследованиями, о каменном отпечатке стопы Будды на дне реки Смотрич, но к происхождению фамилии она прямого отношения не имеет.

Модель образования фамилии простая: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Бакотин», то есть «сын или потомок Бакоты». Так в русской традиции называли человека, который долго жил в этом городе или происходил оттуда. Фамилия не связана с крестьянским или дворянским сословием напрямую: её могли получить и посадские люди, и служилые, переселившиеся из Подолья в центральные русские земли. Встречается она нечасто, но именно географическая привязка делает её ценной для историка — по ней можно проследить пути миграции населения из западнорусских земель.