Фамилия Бакота — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, возникло не из профессии или внешности, а из бытовой, почти игровой характеристики человека. Её основа — слово «бакота», которое в русских говорах, особенно южных и западных, означало «ротозей», «разиня» или «простофиля». Так могли прозвать нерасторопного, рассеянного или наивного человека, который вечно всё упускает. В этом же ряду стоят однокоренные слова «бакать» (болтать, пустословить) и «бакуля» (говорун). Таким образом, фамилия сразу указывает на свойство характера: либо медлительность, либо излишнюю болтливость.

Словообразовательная модель здесь простая, но не самая частая. Суффикс -а в основе (Бакота) — это типичное окончание прозвища, которое затем перешло в фамилию без изменений, то есть без добавления -ов, -ин или -ский. Такие «неоформленные» фамилии характерны для украинской и белорусской традиции, а также для южнорусских областей. В украинском языке «бакота» имеет близкое значение — «разиня» или «недотепа». Поэтому географически фамилия Бакота чаще всего встречается на западе и юге России, а также на Украине, что подтверждается и современными данными о распространении.

Есть и вторая, менее очевидная версия, которую поддерживают некоторые ономасты. В древнерусском языке «бакота» могло быть производным от «бакоть» — так называли часть рыболовной снасти или особый вид сети. В этом случае прозвище мог получить рыбак или тот, кто плёл такие сети. Однако эта версия более спорная: следов такого значения в живых говорах почти не осталось, а прозвища по характеру встречаются гораздо чаще, чем по редким орудиям труда. Поэтому основная гипотеза — прозвище по внутреннему качеству.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к известному украинскому селу Бакота на берегу Днестра. Топоним там, скорее всего, балтского или фракийского происхождения, и связь с прозвищем случайна. Носители фамилии Бакота — это потомки людей, которых в деревне запомнили как «разинь» или «болтунов», но в самой фамилии нет ничего обидного: через несколько поколений она стала просто родовым именем, утратив первоначальный намёк на характер предка.