Фамилия Бакотин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Бакотин восходит, вероятно, к названию древнего села Бакота, расположенного в Хмельницкой области на Украине, при реке Днепре. Впервые Бакота упоминается в летописи 1024 года. В XIII веке — крупный город, важнейший политико-административный центр Днестровского Низовья (с XIV века — Подолья), которое входило в Галицко-Волынское княжество. Археологические раскопки свидетельствуют, что с древнейших времен вдоль берегов Днестра на этом месте располагались языческие святилища и капища, а также курганные женские захоронения. Это указывает на плотную заселенность этих территорий с доисторических времен. Существует также частично подтвержденная подводными исследованиями легенда о семисаженном каменном отпечатке стопы Будды, находящемся сейчас на дне реки Смотрич. Существует две версии расшифровки этого названия. По одной из них, оно восходит к румынскому слову «бокота» - «кусок хлеба». Возможно, жители этого города выращивали и продавали хлеб в другие селения. Согласно другой гипотезе, Бакота – «желанное, чудесное место» (где «ба» - приставка, корень «кот», «хот» означает «желанный»). Скорее всего, основатель рода Бакотиных долгое время жил в этом городе, за что и получил прозвище Бакота. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бакота, со временем получил фамилию Бакотин. О точном месте и времени возникновения фамилии Бакотин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Бакотин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.