Фамилия Бакотин — типичная русская фамилия, образованная от прозвища или географического названия с помощью патронимического суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Бакотин — «сын Бакоты» или «человек из рода Бакоты». В основе фамилии лежит прозвище Бакота, которое, скорее всего, связано с древним селом (а в прошлом — крупным городом) Бакота.

Бакота находилась в нынешней Хмельницкой области Украины, на берегу Днестра. В летописях она упоминается с 1024 года, а в XIII веке была важнейшим политико-административным центром Подолья в составе Галицко-Волынского княжества. Археологи нашли там следы языческих святилищ и курганных захоронений — место было заселено с глубокой древности. Если человек получал прозвище Бакота, это могло означать, что он долго жил в этом городе или был оттуда родом.

Этимология названия Бакота спорная. Есть две основные версии. Первая возводит его к румынскому «бокота» — «кусок хлеба», что может указывать на хлебную торговлю. Вторая — к славянскому корню «кот»/«хот» в значении «желанный», то есть Бакота — «желанное место». Обе гипотезы имеют право на существование, но ни одна не доказана окончательно. Встречается и вовсе экзотическая легенда о каменном отпечатке стопы Будды на дне реки Смотрич, но к происхождению фамилии она отношения не имеет.

Фамилия Бакотин — редкий пример, когда прозвище, скорее всего, не описывало внешность или характер человека, а привязывало его к конкретному историческому месту. Процесс закрепления таких фамилий шёл веками, и точно сказать, когда именно появились Бакотины, нельзя. Ясно одно: эта фамилия хранит память о древнем городе, который когда-то гремел на всю Русь, а сегодня — лишь село и археологический памятник.