Фамилия Бакутины, как и многие русские фамилии на -ин, образована от личного имени или прозвища. В основе лежит имя Бакута — простонародная, сокращённая форма крестильного имени Аввакум (в просторечии также Абакум). Имя Аввакум имеет древнееврейские корни и переводится как «обнимающий». Таким образом, фамилия буквально означает «потомок Бакуты»: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду этого человека.

Модель образования простая и типичная для XVI–XVII веков: от обиходной формы имени (Бакута) через притяжательное прилагательное (Бакутин сын) к закреплённой фамилии. Исходное имя Аввакум встречалось в святцах благодаря библейскому пророку, но в быту его сокращали до Бакуты или Абакума — так же, как Ивана превращали в Ваню, а Дмитрия — в Митю. Именно эта народная форма и закрепилась в фамилии.

Менее вероятна, но иногда обсуждается связь фамилии с этнонимом «бакуту» — так называют негритянский народ в экваториальной Африке (бассейн рек Кассай и Занкуру). Эта версия выглядит натянутой: у русских крестьян и горожан, носивших фамилию, не было контактов с африканскими племенами, а фамилия явно славянская по словообразованию. Поэтому основная и правдоподобная гипотеза — именно от имени Аввакум через форму Бакута.

Фамилия Бакутины фиксируется в разных регионах России, но без массового распространения. О точном месте и времени возникновения говорить сложно: процесс становления фамилий был длительным и неоднородным. Однако ясно, что фамилия относится к распространённому типу русских фамилий на -ин, образованных от имён, и сохраняет память о древнем библейском имени в его народном звучании.