Фамилия Бакутова образована от имени Бакута — простонародной, сокращённой формы крестильного мужского имени Аввакум, которое в быту чаще звучало как Абакум. Древнееврейское имя Аввакум переводится как «обнимающий», а сама фамилия буквально означает «потомок Бакута» (того, кого в семье или деревне звали уменьшительно-ласкательно). Такой способ образования — отсечение части имени и добавление суффикса -ов/-ев — типичен для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где полное церковное имя часто заменяли домашним прозвищем.

В говорах и документах XVI–XVII веков форма Бакута встречается не только как производное от Аввакума, но и как самостоятельное прозвище, связанное с диалектным словом «бакута» — так в некоторых регионах называли болтуна или пустомелю (от глагола «бакулить» — говорить, болтать). Эта версия менее вероятна для фамилии, закреплённой в письменных источниках, поскольку основная масса русских фамилий на -ов/-ев происходит именно от имён, но полностью исключать народную этимологию нельзя: прозвище могло закрепиться за говорливым человеком, а затем перейти к его детям.

Географически фамилия Бакутова распространена преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Липецкой областях, где имя Абакум (Аввакум) было популярно среди старообрядцев. В среде староверов библейские имена нередко сохранялись в бытовых формах дольше, чем в официальной церковной традиции, что и объясняет относительную частотность фамилии именно в этих местах.

В отличие от многих фамилий, образованных от полных имён (Аввакумов), вариант Бакутова демонстрирует более тесную связь с живой разговорной речью: суффикс -ут- (как в именах Мишута, Ванюта) придаёт основе ласкательный оттенок. Таким образом, фамилия Бакутова — это не просто указание на родство, а отражение той интимной, домашней атмосферы, в которой имя Аввакум превратилось в Бакуту, а затем и в фамилию, закрепившуюся за целым родом.