Фамилия Бакутов образована от имени Бакута, простонародной формы крестильного мужского имени Аввакум (в разговорном варианте - Абакум). Оно имеет древнееврейское происхождение и переводится на русский язык как «обнимающий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Бакут, со временем получил фамилию Бакутов.