Фамилия Байкутов — один из тех случаев, где за привычным русским окончанием -ов скрывается тюркская основа. Разбирать её логичнее всего с корня, а не с суффикса, потому что именно в нём — ключ к происхождению.

Основа «Байкут» — сложносоставное тюркское имя или прозвище. Первая часть «бай» в тюркских языках означает «богатый», «знатный», «господин». Вторая часть «кут» — понятие более глубокое: это «счастье», «благодать», «душа», «жизненная сила». В древнетюркской картине мира «кут» считался небесной благодатью, ниспосланной человеку. Таким образом, имя Байкут можно перевести как «богатый счастьем» или «обладатель благодати». Это не бытовое прозвище, а скорее имя-пожелание, которое давали ребёнку, надеясь на его удачливую и полную судьбу.

Русский суффикс -ов присоединился к основе уже в процессе адаптации фамилии в русской среде, стандартно указывая на принадлежность: «сын Байкута». Модель образования типична для фамилий, возникших из нецерковных имён или прозвищ, которые в XVI–XVII веках активно входили в русский обиход через контакты с татарами, башкирами, казахами и другими тюркскими народами.

Географически фамилия Байкутов встречается не повсеместно, а тяготеет к регионам, где исторически были сильны тюркские влияния: Поволжье, Урал, Западная Сибирь, а также среди сибирских и оренбургских казаков. Встречаются носители и у татар, и у русских, что говорит о давнем смешении культур. В дореволюционных переписях фамилия фиксируется в Оренбургской и Уфимской губерниях.

Стоит отметить, что есть и более редкая, но возможная версия: происхождение от топонима Байкут — названия местности или речки. Однако имя собственное Байкут как личное имя встречается в тюркской антропонимии гораздо чаще, чем название поселения, поэтому версия с личным именем остаётся основной. По сословной принадлежности предки Байкутовы могли быть как служилыми людьми (казаками, толмачами), так и крестьянами — фамилия не даёт однозначной привязки к дворянству или духовенству, что тоже характерно для фамилий тюркского корня.