Фамилия Бакутин происходит от простонародной формы крестильного имени Аввакум — Бакута. Разговорный вариант Абакум дал сокращение Бакута, а от него через притяжательный суффикс -ин образовалась фамилия: «чей?» — Бакутин, то есть потомок Бакуты. Древнееврейское имя Аввакум переводится как «обнимающий», что в переносном смысле могло означать «любящий, заботливый».

Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я: так, от прозвища или имени Бакута закономерно получаем Бакутин. Эта модель образования — одна из самых распространённых в северных и центральных регионах России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Существует и другая, маловероятная версия: связь фамилии с этнонимом «бакуту» — так называют негритянский народ, живущий в экваториальной Африке, по рекам Кассай и Занкуру. Однако это предположение не выдерживает критики: ни исторических, ни географических предпосылок для появления такой фамилии у русских крестьян или горожан нет. Скорее всего, сходство здесь случайное, а корень фамилии — сугубо славянский, основанный на местной адаптации церковного имени.

Таким образом, основная и наиболее правдоподобная версия — происхождение от имени Аввакум через форму Бакута. Носитель фамилии Бакутин — потомок человека, которого в быту звали Бакутой.