Фамилия Бакутис, вероятнее всего, восходит к латышскому слову bakas, которое переводится как «оспа». Согласно этому, можно предположить, что основатель рода Бакутис перенес это заболевание. Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит литовское слово bakstelėti – «ткнуть, тыкать; бодать; стукать». В этом случае, родоначальник Бакутис был вспыльчивым человеком, который мог применить физическую силу.