Фамилия Бакшевников образована от прозвища или имени Бакшевник, а то, в свою очередь, — от слова «бакша» или «бакшай». В русских говорах так называли писаря, секретаря, грамотея, а в некоторых регионах — человека, который вел учет общинных доходов или писал прошения. Слово происходит от тюркского «бакши» (учитель, писец) и проникло в русский язык в XVI–XVII веках через посредничество татар или башкир. Таким образом, предок Бакшевниковых мог быть грамотным человеком, выполнявшим письменные работы для крестьянской общины, купеческой гильдии или мелкой администрации. Суффикс -ник в основе указывает на лицо по роду занятий (сравните: плотник, охотник), а финальное -ов — на типичную русскую патронимическую модель, закрепившую фамилию за потомками.

Интересно, что фамилия эта встречается почти исключительно в Поволжье и Приуралье — в Самарской, Оренбургской, Уфимской губерниях и в Татарстане. Это не случайно: именно здесь тюркское слово «бакши» плотно вошло в местный диалект, а грамотные люди среди русских и татар были редкостью и ценились. В других регионах России фамилия почти не фиксируется, что делает её локальным маркером — носители фамилии, скорее всего, происходят из волжских или уральских крестьян, среди которых работал писец-бакшевник.

Встречается и альтернативная версия: от прозвища Бакша — так в некоторых говорах называли ленивого, медлительного человека (от «бакшить» — мешкать, бездельничать). Но она менее убедительна. Во-первых, суффикс -евник (Бакшевник) плохо сочетается с таким значением: обычно от прозвищ по характеру образуют фамилии на -ов без промежуточного -ник (Бакшов). Во-вторых, географическое распространение фамилии совпадает с ареалом тюркского слова «бакши», а не глагола «бакшить». Поэтому версия о писце остаётся основной.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна: основа на -ник плюс суффикс -ов. Таких фамилий в русском языке немного (сравните: Огородников, Путешественников), и они обычно указывают на профессию, а не на личное имя. Бакшевников стоит в одном ряду с фамилиями Писарев, Дьяков, Подьячих — все они отсылают к грамотным служащим допетровской Руси.