Фамилия Балаховские — это типичный пример «географической» фамилии, образованной от названия населённого пункта. Её основа — топоним Балахово или Балахи. Такие фамилии на -ский/-ской обычно получали дворяне, владевшие поместьем, или выходцы из определённой местности: человек, переселившийся из деревни Балахи, становился Балаховским.

Наиболее вероятных географических привязок две. Первая — деревня Балахи в Псковской области. Вторая — город Балахна в Нижегородской области или Балахово в Саратовской. Слово «балахна» в русских говорах означало «развилина реки» или «открытое, ветреное место», но сами названия, скорее всего, имеют тюркские корни. Лингвисты связывают их с тюркским словом «бала» — «дитя, ребёнок», или с корнем «бал» — «мёд». Имя Балах в старину действительно встречалось у народов Поволжья, и оно могло лечь в основу как названия поселения, так и прозвища первопоселенца.

Суффикс -ск- в фамилии Балаховские указывает на принадлежность к роду или местности. В отличие от простых отчеств на -ов (Балахов), форма на -ский часто закреплялась за целой династией, владевшей землёй. Поэтому в истории рода Балаховских мог быть предок, получивший поместье Балахово, или же предок-однодворец, записанный по месту выхода.

Фамилия встречается в двух вариантах: Балаховский и Балаховской. Второй вариант — типичная южнорусская или украинская огласовка, где ударение падает на окончание. Встречаются Балаховские преимущественно в западных и центральных регионах бывшей Российской империи, что косвенно подтверждает связь с псковскими или белорусскими землями.

Версия о том, что фамилия Балаховский — это отчество второго порядка (сын Балахова, внук Балаха), менее убедительна. Для такой модели обычно используется суффикс -ов (Балахов), а не -ский. Форма на -ский в подавляющем большинстве случаев указывает на территориальную или сословную принадлежность, а не на прямое отчество.