Фамилия Бальдинкинова — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. Скорее всего, перед нами «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта. Основа «Бальдинкин» или «Бальдинкино» встречается в топонимике: в России есть несколько деревень с похожими названиями, например, Бальдино в Кировской области или Бальдинки в Удмуртии. Если предки носителя фамилии жили в такой деревне, то при переезде (например, в город или другую губернию) их могли записать по месту выхода: «Бальдинкинов» — то есть выходец из Бальдинок или Бальдинкина.

Суффикс «-ов» в мужском варианте (Бальдинкинов) указывает на типичную модель русских фамилий, особенно распространённую среди крестьян после отмены крепостного права в 1861 году, когда многим давали фамилии по названию деревни. Женская форма на «-а» (Бальдинкинова) — стандартное грамматическое окончание для женщин в русском языке.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища или имени. Корень «Бальд» или «Бальдин» мог быть вариантом крестильного имени (например, Балдуин, но это имя не было распространено у русских) или местным диалектным прозвищем. Слово «бальда» в некоторых говорах означало «дубина», «болван» или «неповоротливый человек» — такое прозвище могли дать медлительному или упрямому человеку. Однако для формирования фамилии через суффикс «-кин» (Бальдинкин) потребовалось бы сначала прозвище «Бальда» или «Бальдя», от которого образовали бы отчество «Бальдинкин» (сын Бальди). Но фамилия именно Бальдинкинова, а не Бальдинкина — окончание «-ов» здесь указывает на топонимический, а не патронимический путь.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла двойную обработку: сначала топоним (название места) превратился в прозвище или отчество с суффиксом «-ин» (Бальдинкин), а затем к нему добавили «-ов», превратив в фамилию. Такая двойная суффиксация — признак относительно позднего формирования, скорее всего, в XIX веке.

Фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждает связь с конкретными деревнями в этих регионах. Сословно предки, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.