Фамилия Бальдюнкинова — настолько редкая, что её носителей можно пересчитать по пальцам. Она явно тюркского происхождения, и её разбор нужно начинать с конца, с суффикса. Формант «-ова» указывает на женскую форму: мужской вариант фамилии — Бальдюнкинов. Суффикс «-ин» здесь не случаен: в тюркских фамилиях, русифицированных в XIX–XX веках, он часто заменял исконный патронимический показатель (например, «-улы» или «-кызы»), а основа при этом оставалась тюркской.

Корень «Бальдюнкин» восходит, скорее всего, к личному имени или прозвищу Бальдюнка. В тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) есть основа «бал» — «мёд», «сладкий», «дитя» (как ласкательное обращение). Вторая часть «-дюн» может быть искажённым «дюн» или «тюн» — «ночь», либо вариантом «дон» — «одарённый», «полный». Таким образом, Бальдюнка могло значить «сладкий, как мёд» или «рождённый в сладкую ночь» — типичное для кочевых народов имя-пожелание, чтобы ребёнок рос здоровым и любимым.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Бальдюнкиновы встречаются в Оренбургской области и в Башкортостане — регионах, где веками жили башкиры и казахи, а фамилии активно русифицировали при переписях и паспортизации. Вероятно, предок носителя фамилии был башкиром или казахом, получившим фамилию по имени отца (Бальдюнка) с добавлением русского суффикса «-ов» — так в XIX веке оформляли документы для «инородцев».

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с диалектным русским словом «бальдюк» — так в некоторых говорах называли болтуна или пустомелю. Но фамилия тогда выглядела бы как Бальдюков или Бальдюкин, а не Бальдюнкинов. Лишний слог «-нк-» в середине — типичный для тюркских уменьшительных форм (сравните: Айнур — Айнурка, Темир — Темирка). Поэтому тюркское происхождение намного правдоподобнее.

Известных исторических личностей с этой фамилией нет — она осталась в тени, среди сельских жителей, не попавших в энциклопедии.