Фамилия Балитинов — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отбросить типовой суффикс -ов и присмотреться к основе «Балитин». А она, скорее всего, образована от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Балитин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Балита.

Самое правдоподобное объяснение прозвища Балита связано с диалектным глаголом «балить» — говорить, болтать, пустословить, а иногда и заговаривать, колдовать. В северных и сибирских говорах «баля» или «балита» — говорун, балагур, а в некоторых контекстах — знахарь, шептун. Таким образом, первый носитель прозвища Балита мог быть либо словоохотливым человеком, либо тем, кто пользовался заговорами и народной медициной. Фамилии на -итов/-инов от подобных «говорящих» прозвищ встречаются, хотя и не массово.

Менее вероятна, но возможна версия от тюркского имени Балта (топор) с русифицированным окончанием. В таком случае форма должна была бы закрепиться как Балтинов или Балтынов. Форма «Балитинов» с мягким «и» вместо твёрдого «а» склоняет к мысли о славянской, а не тюркской основе. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Бали́тинов, что типично для фамилий, образованных от прозвищ на -ита.

С географической точки зрения, фамилия могла возникнуть в зоне распространения северных говоров — Архангельская, Вологодская, Вятская губернии. Там слово «балить» было в ходу. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: вероятно, один род в конкретном селе или волости дал начало всем носителям. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или однодворческая — фамилия не имеет признаков дворянского или духовного происхождения (нет типичных суффиксов -ский или церковных корней).

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая аналогия — фамилия Балин, образованная от того же корня «бал» (говор, колдовство) с другим суффиксом. Балитинов — более сложная, «патронимическая» форма, подчёркивающая прямую линию: «внук Балиты».