Фамилия Балтутис — литовского происхождения, и её разумнее всего анализировать не через славянские, а через балтийские словообразовательные модели. В основе лежит корень balt-, который в литовском языке связан с понятием белого цвета (baltas — «белый»). К этому корню добавлен суффикс -utis, характерный для литовских фамилий и прозвищ. Такой суффикс часто образовывал уменьшительные или ласкательные формы имён и прозвищ, а также мог указывать на молодость или неполноту признака. Поэтому Балтутис — это не просто «белый», а скорее «беленький» или «светленький».

Прозвище Балтут (от которого и пошла фамилия) могли дать человеку по внешним признакам: светлым волосам, бледной или светлой коже. Однако в литовской антропонимии встречаются и другие трактовки корня. Есть версия, что прозвище могло быть связано с глаголом baltinti («белить») — в таком случае его мог получить маляр или кожевник, занимавшийся отбелкой кож. Но наиболее прямой и распространённый путь — это именно прозвище по цвету внешности, которое затем закрепилось как фамилия в форме Балтутис.

Отличительная черта этой фамилии — её суффикс. В славянских фамилиях преобладают окончания -ов, -ев, -ин, тогда как литовские фамилии на -utis (как и на -aitis, -onis) показывают иную модель наследования: они не склонялись по славянскому образцу и сохранили свою балтийскую форму. В русском языке фамилия Балтутис, как правило, не склоняется, если её носитель — мужчина, и остаётся неизменной у женщины. Встречается эта фамилия в основном на территории Литвы, а также в приграничных районах Беларуси и Калининградской области, где исторически жили литовцы.