Фамилия Бападжанов — яркий пример того, как тюркские и персидские языковые элементы слились в русской модели оформления фамилий. Её основа восходит к мужскому имени Бабаджан (или Бападжан), которое распространено у многих народов Средней Азии и Кавказа. Имя это составное: первая часть, «баба», в тюркских языках означает «отец», «дед», «предок» или же выступает как почтительное обращение к старшему мужчине. Вторая часть, «джан» (от персидского جان), переводится как «душа», «жизнь», «дорогой». Вместе Бабаджан означает нечто вроде «дорогой предок» или «душа-отец» — ласковое, уважительное имя, которое давали в знак любви или в честь старшего родственника.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который в данном случае указывает на принадлежность: «сын Бападжана». Характерно, что исходное имя подверглось адаптации: в русской записи оно могло упроститься до формы Бападжан (с потерей второго «ба» или через диалектное произношение). Встречается и параллельный вариант — Бабаджанов, где основа сохранена полнее. Обе фамилии однокоренные, но Бападжанов — это либо фонетический вариант, закрепившийся в документах из-за особенностей местного говора, либо результат более поздней записи при переписи населения.

Географически фамилия привязана к регионам, где традиционно жили узбеки, таджики, азербайджанцы и другие народы, использующие имена с компонентом «джан». В России и странах бывшего СССР носители фамилии Бападжанов встречаются в основном среди выходцев из Средней Азии и Закавказья. Сословно предки могли быть как из крестьян или ремесленников, так и из купеческих или духовных кругов — имя Бабаджан не несло чёткой классовой окраски и было распространено в самых разных слоях. По сути, эта фамилия — не столько указание на ремесло или прозвище, сколько семейная метка, сохранившая в себе тёплое, почти поэтичное обращение к родоначальнику.