Фамилия Бабаджанов образована от мусульманского мужского имени Бабаджан. Оно, в свою очередь, образовалось от двух арабских имен: Баба и Джан. Первое из них переводится на русский язык как "отец, батюшка", а второе — "душа". Таким образом, дословный перевод имени Бабаджан звучит как "душа отца".