Фамилия Бабаджан восходит к мусульманскому мужскому имени Бабаджан. Оно, в свою очередь, образовалось от двух арабских имен: Баба и Джан. Первое из них переводится на русский язык как «отец», а второе — «душа». Таким образом, дословный перевод Бабаджан звучит как «душа отца».