Фамилия Баракшин — редкий случай, где суффикс -ин не указывает на принадлежность отцу. Обычно -ин добавляют к основам на -а/-я (Петров — Петин, Кузьма — Кузьмин), но здесь мы видим основу Баракш-. Это заставляет искать корень не в имени, а в прозвище или тюркском заимствовании.

Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «барак» — так в среднеазиатских языках называли породу собак с длинной шелковистой шерстью (отсюда же, кстати, и знаменитая шуба «барак» из шкурок ягнят такой породы). Прозвище Барак или Баракша могли дать человеку за лохматость, пушистую бороду или, наоборот, за сходство с этой собакой по характеру — верный, злой, упрямый. В русских говорах слово «барак» тоже известно, но в значении «овчина» или «барашек», что отсылает к тому же образу курчавого, мягкого.

Суффикс -ш- в основе — уменьшительный или уничижительный в тюркских языках (сравните «бай» — «байгуш»). То есть Баракша — это не просто «барак», а «барачишка», «мелкий лохматый пёс». На русской почве к этому прозвищу добавили фамильный суффикс -ин, и получилось «сын Баракши» — Баракшин.

Другая, менее вероятная версия выводит фамилию от еврейского имени Барух (ивр. «благословенный») через форму Барак, но тогда ожидалось бы написание Барахшин или Барухин. Кроме того, географически фамилия Баракшин встречается в Поволжье и на Урале — в регионах, где веками жили бок о бок русские и тюркские народы. Это говорит в пользу именно тюркского происхождения прозвища.

В документах XVIII–XIX веков Баракшины встречаются среди крестьян и мещан Саратовской и Оренбургской губерний. Фамилия не была дворянской и не попала в родословные книги, поэтому её носители — потомки простых людей, получивших уличное прозвище за внешность или нрав.