Фамилия Барбалис звучит нехарактерно для восточнославянского уха — и это первый ключ к разгадке. Перед нами яркий пример фамилии, пришедшей из греческого языка, причём, скорее всего, не напрямую, а через посредничество южнославянских или румынских земель. В русском языке фамилии на -ис (как и на -ос, -ас) — явление редкое и почти всегда указывает на греческие корни или на греческое влияние в Причерноморье и на Балканах.

Основа фамилии восходит к греческому слову «βάρβαρος» (várvaros) — «чужеземец», «не грек», «говорящий на непонятном языке». Отсюда же наше «варвар», но в греческом исходное значение было не столько ругательным, сколько описательным: так называли любого, кто не владел греческим. В фамилии Барбалис мы видим ту же основу, но с уменьшительным или патронимическим суффиксом, типичным для новогреческого языка. Буквально её можно перевести как «сын Варвара» или «маленький варвар» — то есть прозвище, данное предку по его происхождению или по особенности речи.

Суффикс -ис (в греческой записи -ης) в фамилиях указывает на принадлежность к определённому роду или местности. В сочетании с корнем «барбар» он образует модель, хорошо известную в греческой ономастике: Варвалис, Варварес, Варваракис. Фамилия Барбалис — один из вариантов этой модели, где первая гласная «а» закрепилась в русской передаче. В самой Греции фамилия Βαρβαρής (Varváris) встречается, но форма с «л» — Βαρβάρης, Βαρμπάλης — тоже фиксируется, особенно на Ионических островах и в Эпире.

С географической точки зрения, в Российской империи носители фамилии Барбалис — это почти всегда потомки греческих переселенцев. Основные волны: греки, бежавшие от турок в Приазовье (Мариуполь, Таганрог) в XVIII веке, и греческие купцы и моряки, осевшие в Одессе, Николаеве и портах Крыма. Поэтому, если искать корни, стоит обратить внимание на юг Украины и Ростовскую область. Сословно это могли быть как мещане и ремесленники, так и купцы — греческая диаспора в Новороссии была влиятельной и торговой.

В русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода на твёрдый согласный: Барбалис, Барбалиса, Барбалису. Женский вариант не склоняется, что тоже выдает её иноязычное происхождение. Сравните с однокоренными русскими фамилиями: Варваров, Варварин — они образованы от того же корня, но по славянской модели (суффиксы -ов/-ин). Барбалис же сохранила греческую огласовку и формант, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — она сразу сужает круг возможных предков до греческой общины.