Фамилия Бардабаев — редкий случай, когда основа явно тюркская, а суффикс — русский, что сразу указывает на географию и историю её появления. Корень «барда» или «барды» встречается в нескольких тюркских языках, и значение прозвища зависело от того, в какой среде его дали.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «бардак» (беспорядок, скандал, кабак) или с диалектным «барда» (пьяница, гуляка). В этом случае Бардабай — человек, который получил прозвище за буйный нрав или любовь к попойкам. Однако в татарском и башкирском языках есть слово «барда» с другим значением — «сильный», «могучий». Тогда прозвище Бардабай могло означать «богатырь» или «крепкий парень», что тоже правдоподобно для кочевой среды. Вторая версия менее распространена, но не исключена: в казахском языке «барда» — это «всё», «целиком», а Бардабай — «владеющий всем», «полный хозяин».

Суффикс -ев типичен для русских фамилий, образованных от тюркских основ. Фамилия закрепилась в среде крещёных татар, башкир и казахов, перешедших в русское подданство, или у русских, живших в тесном контакте с тюрками. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях — зонах активного смешения русского и тюркского населения.

Особенность фамилии — редкое сочетание корня «барда» с суффиксом -бай (в тюркских языках означает «богатый», «господин»). Получается двойная тюркская основа: «барда» + «бай», что нехарактерно для фамилий, пришедших в русский язык напрямую. Это говорит о том, что прозвище Бардабай могло быть личным именем у казахских или башкирских родов, а уже потом, при переходе в русскую среду, к нему добавили фамильный суффикс. Однокоренных фамилий мало: Бардаков, Бардин — но у них другая этимология, связанная с русским словом «барда» (отходы пивоварения) или с именем Барда.

Сословно фамилия не закрепилась за дворянством — носители были в основном крестьянами, казаками и мещанами. Встречается и сегодня, но редко, преимущественно в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области.