Фамилия Бардунаев образована от личного прозвища Бардунай. Её основа восходит к слову «барда» — слову с богатой историей, означавшему и остатки от перегонки хлебного вина (барду), и вообще мутное, дурное питьё, а также плохую, неплодородную почву. Модель типична для русских фамилий: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Бардуная».

Скорее всего, прозвище носило не один, а несколько разных смыслов в зависимости от того, кто его давал. В одном случае оно могло относиться к «профессиональным» именованиям: Бардунаем могли прозвать человека, который варил брагу или торговал хмельными напитками. В другом — фамилия могла закрепиться за крестьянином, чей надел располагался на бесплодной, каменистой или болотистой почве, которую в народе тоже называли «бардой». Наконец, не исключён и иронический подтекст: прозвище могли дать любителю выпить, подчёркивая его слабость к «барде» — дурному питью.

Суффикс -ай в основе Бардунай характерен для русских просторечных и диалектных прозвищ (сравните: Косай, Кричай, Гуляй). Он придаёт слову оттенок действия или свойства, усиливая связь с исходным глаголом или существительным. Таким образом, Бардунай — это не просто «человек, связанный с бардой», а скорее «тот, кто постоянно с ней возится» или «кто на ней сидит».

О точном месте и времени возникновения фамилии Бардунаев сейчас говорить сложно — процесс формирования фамилий был долгим и шёл в разных слоях населения не одновременно. Однако ясно, что фамилия эта не книжная, а живая, народная, рождённая в крестьянской или ремесленной среде. Она сохранила память о быте, занятиях и даже о качестве земли, на которой жили предки — и в этом её ценность как памятника русской речи и культуры.