Фамилия Бардуев — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с личным именем или прозвищем Бардуй. Если посмотреть на словообразовательную модель, то суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую форму: «чей?» — Бардуев, то есть сын или потомок Бардуя. Основа здесь — не усечённое имя, а полное, что встречается реже, чем фамилии на -ов.

Само имя Бардуй, скорее всего, восходит к тюркскому корню. В тюркских языках «бард» или «барт» означает «богатство», «изобилие», а также может быть связан с понятием «имеющий» (от глагола «бар» — есть, имеется). Таким образом, Бардуй могло быть охранительным именем-пожеланием: «пусть у него будет всё», «богатый». Подобные имена были распространены у народов Поволжья, Сибири и Средней Азии, где тюркские языки соседствовали с русским.

Географически фамилия Бардуев встречается в основном в Забайкалье и Восточной Сибири, особенно среди бурятского населения. Это не случайно: в бурятском языке слово «барда» означает «хмель» или «гуща», а «бардуу» — «хмельной», «пьяный». Прозвище Бардуй могли дать человеку, который любил хмельные напитки или, наоборот, варил пиво. В бурятской ономастике такие прозвища нередко переходили в фамилии, причём русский суффикс -ев был добавлен уже в процессе русификации документов в XIX–XX веках.

Есть и менее очевидная, но правдоподобная версия: связь с калмыцким или монгольским «бар» — тигр. В таком случае Бардуй могло быть прозвищем сильного, смелого или свирепого человека, а фамилия Бардуев — «тигриный сын». Однако для бурятской среды тигр — не характерный тотем, поэтому эта версия слабее и больше подходит для калмыцких или алтайских аналогов.

Таким образом, основная гипотеза — тюркское имя-пожелание богатства или бурятское прозвище по роду занятий (пивовар, любитель хмельного). Фамилия недворянская, крестьянская или казачья, что подтверждается её отсутствием в старых родословных книгах и концентрацией в сибирских регионах.