Фамилия Бардушкины образована от личного прозвища Бардушка. Её основа — слово «барда», у которого в русских говорах несколько значений. Самое распространённое — «остатки от перегона хлебного вина из браги», то есть гуща, которую выливали после самогоноварения. Отсюда же пошли «мутное питьё» и, в переносном смысле, «плохая почва, бесплодная, болотная или каменистая». Скорее всего, прозвище Бардушка прикрепилось к человеку по одному из двух сценариев: либо он был владельцем кабака или занимался изготовлением хмельных напитков, либо жил на неплодородной земле — и это стало его бытовой характеристикой.

Суффикс -ушк- в прозвище Бардушка — уменьшительно-ласкательный или уничижительный, он нередко встречается в именованиях простых людей: так крестьянина могли назвать не по отцу, а по его ремеслу или месту. Фамилия же стоит в форме множественного числа (Бардушкины), что типично для родовых прозваний в центральных и северных губерниях России: так говорили о целой семье или доме.

Есть и другие версии происхождения, но они менее убедительны. Украинское слово «барда» — «тесак, секира» — могло бы дать прозвище строителю или мяснику, но маловероятно, что именно оно легло в основу, поскольку фамилия явно великорусская по суффиксу. Версия о кельтском «барде» (поэте и певце) и вовсе натянута: в русской среде слово «бард» появилось и закрепилось в значении «музыкант-исполнитель» лишь в XX веке, а в XVI–XVII веках, когда складывалось большинство фамилий, оно было книжным и практически не употреблялось в быту.

Фамилия Бардушкины — памятник не столько «славянской письменности», сколько живой народной речи, где прозвище могло закрепиться за семьёй, жившей на болотистом участке или державшей кабак. Точное место и время её возникновения неизвестны, но суффикс -ин и множественное число указывают на северную или центральную Россию, где такие формы были особенно распространены.