Фамилия Бархота — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы -ов или -ин. В основе лежит слово «бархат», но в старом произношении и написании — через «о»: бархот. Это указывает на диалектные особенности или просто на то, что фамилию записали на слух в XVII–XVIII веках, когда нормы орфографии ещё не устоялись.

Прямое значение — «бархатный». Прозвище Бархота могли дать человеку с мягким, спокойным характером, либо тому, кто носил одежду из бархата — дорогой ткани, доступной в те времена только купцам, боярам или зажиточным ремесленникам. Вторая версия правдоподобнее: в крестьянской среде прозвища часто давали по внешнему признаку или профессии, а «бархатный» нрав — слишком отвлечённая характеристика для бытового общения.

Словообразовательная модель проста: основа «бархот» (усечённая форма от «бархат») плюс окончание -а, типичное для прозвищ и фамилий украинского или южнорусского происхождения. В украинском языке слово «бархот» встречается в значении «бархат», и фамилия Бархота могла возникнуть на территории современной Украины или в южных областях России, где были сильны украинские говоры. На севере и в центральной России чаще образовывали бы фамилию Бархатов или Бархатовский.

В документах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в одной или нескольких смежных губерниях. Носители Бархоты, вероятно, были либо торговцами тканями, либо портными, либо просто людьми, получившими прозвище за любовь к нарядной одежде. Сословная принадлежность могла быть разной — от крестьян до мещан, но в дворянские роды эта фамилия не попала, что косвенно подтверждает её «ремесленное» или прозвищное происхождение без фиксации в гербовниках.