Фамилия Барнакова — одна из тех, что ставит перед исследователем сразу несколько загадок, и главная из них — значение основы. Внешне фамилия выглядит как типичная русская патронимическая модель на -ов (чей? — сын Барнака), но вот откуда взялось само прозвище Барнак — вопрос открытый.

Самая прямая версия связывает его с польским словом «barna» — «борона». Сельскохозяйственное орудие для рыхления почвы могло лечь в основу прозвища земледельца или человека, чья работа была связана с обработкой земли. Однако объяснение, что прозвище Барнак «отражало особенности внешности предка (волосы коричневого, орехового или кофейного цвета)», кажется натяжкой: польское «barna» не имеет отношения к цвету, это чисто хозяйственный термин. Поэтому версия о скотоводе выглядит ещё менее убедительной — борона и скотоводство никак не связаны.

Более правдоподобно другое объяснение. В русских говорах, особенно в сибирских и уральских, слово «барнак» или «барнач» имело значение «бродяга», «беглый», «варнак». Это хорошо известно по фамилии Варнаков, которая нередко писалась и через «б». В таком случае Барнак — не польское заимствование, а местное прозвище, которое давали человеку с неспокойной биографией, ссыльному или отбившемуся от общины. Учитывая, что фамилия Барнаковы встречается в основном в Зауралье и Сибири, эта версия выглядит значительно весомее.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Барнак добавили суффикс -ов, получив притяжательное прилагательное, которое затем закрепилось как родовое имя. Форма Барнакова — женский вариант, и она хранит ту же память о прозвище, что и мужская. Что именно стояло за этим прозвищем — крестьянский труд с бороной или судьба ссыльного — сказать наверняка сложно, но вторая версия исторически обоснована лучше.