Фамилия Барнакян — редкий случай для русской ономастики: она не славянского, а армянского происхождения, но вписалась в русскую фамильную модель благодаря типичному для Закавказья суффиксу. Читатель, ищущий эту фамилию, скорее всего столкнется с двумя основными версиями её корня, и обе заслуживают внимания.

Основа фамилии — «Барнак». Это либо вариант армянского имени Барнак (от арамейского «бар» — сын и «нак» — чистый, непорочный), либо топонимическое прозвище. Вторая версия опирается на армянский суффикс принадлежности «-ян» (в русской передаче часто «-ян», реже «-янц»), который указывает на происхождение из определённого места. Например, в Армении существует село Барнак (в исторической области Тарон, ныне на территории Турции), и выходец оттуда получал прозвище Барнакян — «из Барнака». В русских документах XIX — начала XX века фамилия фиксировалась и в форме Барнакянц, что точнее передаёт армянский патронимический суффикс.

Словообразовательная модель здесь простая: корень Барнак + суффикс -ян (или -янц). В русском обиходе окончание «-ян» стало восприниматься как фамильное окончание, аналогичное русским «-ов» и «-ин». Поэтому фамилия не склоняется по падежам в мужском роде (Иван Барнакян, Ивана Барнакяна), а женский вариант остаётся неизменным.

В отличие от массовых русских фамилий на «-ов», Барнакян не даёт подсказки о сословии предка: армянские фамилии с этим суффиксом носили и крестьяне, и купцы, и священники. Географически фамилия привязана к историческим областям Западной Армении (Турция) и югу России, куда армяне переселялись в XVIII–XIX веках. В современных российских справочниках Барнакян встречается эпизодически, чаще всего в Краснодарском крае и Ростовской области.

Единственная деталь, которая отличает эту фамилию от десятков других на «-ян»: в русском языке её иногда ошибочно записывают через «о» — Борнакян, путая с фамилией Борнаков. Но исходный корень «бар-» (от арамейского «сын») надёжно отделяет её от славянских «бор-» (борьба, бор).