Фамилия Башикова — женская форма от Башиков, и её разумнее всего разбирать, отталкиваясь от мужского варианта. Основа здесь — Башик. В русской антропонимии это либо краткая форма личного имени, либо прозвище, либо, что реже, тюркское заимствование.

Самый прямой путь — от имени Баша, которое было уменьшительной формой от крестильных имён Борис, Абакум (Аввакум) или даже Варфоломей. Суффикс -ик давал ласкательный или уменьшительный оттенок: Башик — «маленький Баша». Такая модель типична для восточнославянских фамилий, особенно в южнорусских и украинских говорах. Если предок был записан как «Башик», то его сыновья становились Башиковыми.

Другая версия — тюркская. В тюркских языках слово «баш» означает «голова», а «башик» — «головка», «вершина» или даже «колыбель» (в некоторых диалектах). Фамилия могла возникнуть у человека, который носил прозвище Башик — возможно, за высокий рост, выдающийся ум или должность старшего. Однако для русской фамилии Башикова тюркская основа менее вероятна: суффикс -ов однозначно указывает на славянскую патронимическую модель, а не на прямое заимствование прозвища. Скорее, если тюркский корень и был, он успел обрусе́ть и обрасти славянским суффиксом.

Географически фамилия Башикова встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — в регионах активного смешения русского и тюркского населения. Но это не значит, что все носители — потомки татар или башкир. Многие Башиковы — русские, чьи предки просто носили имя или прозвище Башик.

Словообразовательно фамилия проста: корень Баш- (от имени или прозвища), суффикс -ик (уменьшительный), затем патронимический -ов. По сословной принадлежности предки могли быть крестьянами, реже — мещанами или казаками. Дворянских родов с такой фамилией в истории не зафиксировано.