Фамилия Баталин в своей основе восходит к прозвищу Ботало, которое в разных говорах имело неодинаковое значение. На Севере боталом называли погремушку или колокольчик, привязываемый к шее коровы. Поэтому прозвище Ботало мог получить либо пастух, либо человек излишне говорливый, «звенящий» без умолку. В псковских говорах «ботало» — это шест, которым загоняют рыбу со дна в сети. Здесь прозвище уже указывает на род деятельности — рыбака. Позже прозвище Ботало преобразовалось в форму Баталя, от которой и пошла фамилия Баталин через стандартный суффикс принадлежности -ин.

Менее вероятна, но также существует версия происхождения от тюркского имени Батал. В арабском языке это имя означает «воин, богатырь», а в древнетюркском — «кобыла». Есть и перевод «медлительный, неповоротливый». Однако, учитывая, что фамилия Баталин органично ложится в словообразовательную модель от прозвища (сравните: Ботало — Баталя — Баталин), версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Интересно, что в документах фамилия встречается в разных регионах, что подтверждает её независимое возникновение в нескольких местах. В Книге памяти Республики Татарстан упоминается Александр Федорович Баталин, родившийся в 1880 году в Кирове. В Книге памяти Ульяновской области — Алексей Андреевич Баталин (1880 года рождения, из поселка Сурское), а в Книге памяти Псковской области — Алексей Иванович Баталин (1901 года рождения, из деревни Лопоново Печорского района). География широкая: от севера до Поволжья, что как раз и объясняется разными значениями слова «ботало» в местных говорах.

Среди известных носителей фамилии — русский ботаник Александр Федорович Баталин, что добавляет фамилии научный оттенок, хотя к её происхождению это прямого отношения не имеет.