Фамилия Батайкины — нечастая, и её происхождение напрямую связано с тюркским или монгольским миром. В основе лежит имя Батай, а точнее его уменьшительная форма Батайка. Монгольское слово «бата» означает «крепкий, здоровый, надежный, постоянный». Так могли назвать ребёнка в надежде, что он вырастет сильным и стойким мужчиной.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Батайк- добавился суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «чей?» — Батайкин, то есть сын или потомок человека по имени Батайка. Форма множественного числа Батайкины закрепилась в обиходе, когда речь шла о всей семье или роде.

Исторический контекст важен. Фамилии с такой основой обычно связывают с выходцами из Золотой Орды, половецкой или печенежской среды. В XV–XVII веках многие служилые люди тюркского происхождения переходили на русскую службу, принимали православие и получали земли. Их потомки нередко сохраняли родовые прозвища в виде фамилий. Следы такого процесса видны и в фамилии Батайкины — она относится к тому пласту русских фамилий, которые фиксируют восточные корни родоначальника.

В отличие от массовых фамилий на -ов и -ев, модель на -ин встречается реже и часто указывает на прозвище или имя, оканчивающееся на -а/-я. Батайка — как раз такой случай. Интересно, что в некоторых говорах «батаем» могли называть не только человека, но и, например, большую колотушку или дубину, но основная версия всё же антропонимическая, связанная с личным именем.

Фамилия не получила широкого распространения, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в среде однодворцев или мелкопоместных дворян южных губерний России. Встречаются упоминания Батайкиных в документах XVIII–XIX веков по Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниям.