Фамилия Батайкина — характерный пример русской фамилии, образованной от имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -ин. В основе лежит уменьшительная форма имени — Батайка, которая, в свою очередь, восходит к тюркскому имени Батай. Корень этого имени специалисты связывают с монгольским словом «бата», что означает «крепкий, здоровый; надежный, постоянный». Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном человека по имени Батайка, а само имя указывало на силу и устойчивость характера.

Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность: «чей?» — «Батайкин», то есть сын Батайки. Эта модель была особенно распространена в северных и центральных регионах России, где фамилии часто образовывали от обиходных, «домашних» форм крестильных или мирских имен. В случае с Батайкиной мы имеем дело не с календарным христианским именем, а с тюркским по происхождению мирским прозвищем, что не редкость для русских фамилий, особенно в регионах исторического взаимодействия славянских и тюркских народов.

Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Батайкиных можно лишь на основании генеалогических изысканий, однако ясно, что фамилия закрепилась в русской ономастике не позднее XVII–XVIII веков — периода активного оформления фамилий у всех сословий. Встречается она преимущественно в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает связь с тюркскими корнями: именно в этих областях исторически были сильны контакты с татарами, башкирами и другими народами, использовавшими имя Батай.