Фамилия Батекиных образована от имени или прозвища родоначальника — Батека. Слово «батека» звучит как ласкательная или уменьшительная форма от общеславянского «батя», то есть «отец». По одной из версий, первоначально «батя» было однокоренным со словом «брат» и значило «братик», «братишка», и лишь позднее в русском языке за ним закрепилось значение «отец». Так что прозвище Батека могло указывать либо на старшего родственника, либо на человека, который в семье или общине пользовался отеческим авторитетом.

Есть и другая версия, связанная с украинским словом «батик». Так с XVIII века на Украине называли технику росписи тканей и саму многокрасочную ткань. Если следовать этой версии, предок Батекиных мог быть художником или мастером по раскрашиванию тканей. Прозвище Батека в таком случае закреплялось за человеком по роду его занятий.

Третья версия связывает фамилию с географическим названием. В русских землях существует селение Новые Батеки. Не исключено, что именование Батекин закрепилось за выходцем из этого села или за человеком, который там жил.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Батекин — это «сын Батеки» или «человек из рода Батеки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Фамилия бытует в разных регионах, но точное место и время её возникновения без генеалогических изысканий установить сложно: процесс формирования фамилий был длительным и не всегда привязан к одной местности.