Фамилия Батистэ — редкий для России случай, когда иноязычное слово перешло в фамилию почти без адаптации, сохранив нехарактерное для русского языка окончание на гласный. В основе лежит французское Baptiste — «креститель», «баптист», восходящее к латинскому baptista. В русской среде фамилии на -э обычно имеют западное, чаще всего французское, происхождение и указывают на то, что носитель или его предок не были этническими русскими, а получили фамилию в готовом виде.

Скорее всего, фамилия Батистэ была принесена в Россию в XVIII–XIX веках, когда в страну приезжали французские гувернёры, ремесленники или военнопленные после 1812 года. В отличие от русифицированных вариантов вроде Батистов или Батищев, форма Батистэ не получила суффикса -ов или -ин, то есть осталась «сырой» заимствованной фамилией. Это говорит о том, что её носители, вероятно, долго сохраняли связь с французской или швейцарской средой, либо фамилия была записана в документах так, как произносилась, без переделки на русский лад.

В ономастике фамилии на -э считаются маркером позднего вхождения в русский обиход. Б. Унбегауна в «Русских фамилиях» отмечает, что такие окончания типичны для фамилий польского, немецкого и французского происхождения, и Батистэ — характерный пример именно французского следа. Если искать параллели, то можно вспомнить фамилии Дюма, Золя или Бизе, но в бытовой русской среде встречается и более простое — Батист, без окончания, что делает вариант Батистэ особенно редким.

Что касается значения, то в исходном французском Baptiste — это не только религиозный термин, но и распространённое имя (Жан-Батист). Поэтому предок мог быть назван по имени отца или по прозвищу, связанному с крещением или принадлежностью к баптистской общине. Однако в русском контексте фамилия не несёт религиозного оттенка — она просто указывает на иностранное происхождение семьи, возможно, из числа тех французов, которые осели в Москве или Петербурге в XIX веке и со временем обрусели, сохранив фамилию в оригинальной записи.