Фамилия Баткис образована от аналогичного прозвища, которое восходит к польскому слову bat – «бич, кнут». Скорее всего, оно указывало на род занятий человека: так, человек по прозвищу Баткис мог быть погонщиком скота, пастухом. Согласно менее правдивой версии, эта фамилия ведет свое начало от нарицательного «бат», которое на севере европейской части России, на Урале и в Сибири употребляется в значении «небольшая лодка, выдолбленная из ствола дерева». Поэтому можно предположить, что основатель рода Баткис занимался изготовлением лодок, ее владельца либо подвижного человека.