Фамилия Баткис звучит необычно для русского уха — её выдает суффикс, который в славянских языках встречается реже, чем привычные -ов или -ин. Скорее всего, перед нами пример польского влияния на фамильное имя. Основная версия связывает фамилию с польским словом bat — «бич, кнут». Суффикс -ис мог указывать на принадлежность или характерное действие, поэтому прозвище Баткис, скорее всего, давали человеку, чья работа была связана с кнутом: погонщику скота или пастуху. В старой Польше и на землях, входивших в Речь Посполитую, такие прозвища по ремеслу или орудию труда были обычным делом.

Есть и другая, менее убедительная версия. Она отсылает к русскому диалектному слову «бат» — так на севере европейской части России, Урале и в Сибири называли небольшую лодку, выдолбленную из цельного ствола дерева. Если принять эту версию, основатель рода мог быть лодочным мастером, владельцем такой лодки или просто подвижным человеком, которого прозвали за сходство с челноком. Однако польский корень выглядит правдоподобнее: во-первых, суффикс -ис характерен именно для польской модели образования фамилий (сравните с фамилиями типа Павлис, Станис), а во-вторых, связь с конкретным орудием труда — кнутом — даёт более ясный социальный портрет предка.

Сама по себе фамилия Баткис — редкая. Она не принадлежит к числу массовых русских фамилий, что говорит о её позднем закреплении или узкорегиональном бытовании. Словообразовательная модель здесь проста: основа бат- плюс суффикс -кис (или -ис), который выполнял роль притяжательного или характеризующего элемента. В итоге фамилия отвечала на вопрос «чей?» или «какой?»: сын или работник Бата, то есть человека с кнутом.