Фамилия Батнин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Сразу отбросим самую напрашивающуюся, но ложную версию: связь с английским словом «bat» (летучая мышь) или «battle» (битва). Русские фамилии так не образуются, а английские корни в крестьянской среде — исключение из правил.

Словообразовательная модель указывает на патроним (фамилию по отцу) с типичным русским суффиксом -ин. Это значит, что в основе лежит личное имя или прозвище Батня. В русских говорах слово «батня» могло быть уменьшительно-ласкательной формой от имени Борис (через Боря — Батня) или от редкого крестильного имени Варфоломей. Вторая версия — прозвищная. В диалектах Вологодской и Архангельской губерний «батня» означало «большой, толстый» или «нерасторопный, мешковатый человек». Так могли прозвать медлительного, грузного мужика.

География фамилии подтверждает северное происхождение. Батнины — старый род из бывшей Вологодской губернии, особенно из Тотемского уезда. Там фамилия фиксируется в переписных книгах XVII века. В отличие от более распространённых фамилий на -ов, форма на -ин характерна для имён, оканчивающихся на -а/-я, что и даёт Батнин, а не Батнов.

Версия с прозвищем кажется правдоподобнее, чем с каноническим именем: имя Батня не встречается в святцах, а вот прозвище по внешности или характеру — типичный путь образования русских фамилий. Предок носителя фамилии, скорее всего, был невысокого роста или плотного телосложения, за что и получил своё прозвище в крестьянской общине.