Фамилия Баумер (в немецком написании Baumer) образована от аналогичного прозвища, которое восходит к немецкому слову Baum - «дерево». Компонент -ер представляет собой немецкий суффикс, указывающий на род занятий, профессию или место жительства. Таким образом, Баумером могли прозвать человека, чей дом стоял у некого чем-либо примечательного (например, отдельно стоящего) дерева. По другой версии, прозвище Баумер получил человек, торговавший деревом.