Фамилия Баутдинов образована от восточного имени Баутдинов, которое имеет сложную основу и восходит к двум компонентам: «баут» и «дин». Компонент «баут» скорее всего восходит к тюркскому слову bajagut и означает «землевладелец», а компонент «дин» переводится с арабского как «религия, вера, вероисповедание». Таким образом, потомок человека, которого звали Баутдин, со временем получил фамилию Баутдинов.