Фамилия Байданова — женская форма мужской фамилии Байданов, которая образована по самой распространённой в России модели: от прозвища или имени через притяжательный суффикс -ов. Основа здесь — «Байдан». Что стоит за этим словом — вопрос, на который у исследователей есть несколько ответов, и самый убедительный из них ведёт в тюркские языки.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское мужское имя Байдан. Оно составное: «бай» означает «богатый», «господин», а «дан» (от «данлы») — «славный», «известный». Имя Байдан, таким образом, можно перевести как «богатый и славный» или «знатный господин». Такие имена были распространены у татар, башкир, казахов и других тюркских народов, и от них нередко образовывались русские фамилии, особенно в пограничных и смешанных регионах — в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье. Носитель фамилии Байданов мог быть потомком человека, которого в документах записали как Байдан — либо по имени, либо по прозвищу, данному за богатство или влиятельность.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с русским диалектным словом «байда» — так в некоторых говорах называли большую лодку, долблёнку или даже неуклюжего, медлительного человека. От «байда» через суффикс -ан (как в «болван», «великан») могло образоваться прозвище Байдан — «человек, связанный с лодкой» (лодочник, перевозчик) или, в переносном смысле, «неповоротливый». Однако тюркская версия выглядит правдоподобнее: имя Байдан фиксируется в исторических источниках, а фамилия Байданов встречается среди татарских и башкирских родов чаще, чем в чисто русских регионах.

Фамилия не относится к числу редких, но и не сверхраспространена. Её география — преимущественно южный Урал, Западная Сибирь и Татарстан. В дворянских родословных книгах Байдановы не значатся — это крестьянская или мещанская фамилия, типичная для тех, чей предок получил её по имени или прозвищу при переписи.