Фамилия Байданов образована по стандартной русской модели от прозвища или имени Байдан. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Байдана». В основе лежит тюркское слово «байдан» — в разных тюркских языках оно может означать «богатый», «знатный», «господин», а также встречается как личное имя. В казахском и башкирском языках Байдан — это составное имя из компонентов «бай» (богатый, хозяин) и «дан» (слава, известность). Таким образом, первый носитель фамилии мог быть потомком человека с таким именем или прозвищем.

Менее вероятная, но возможная версия связывает Байданова со словом «байда» — так на юге России называли большую лодку или баржу. В таком случае прозвище Байдан мог получить лодочник, перевозчик или владелец судна. Однако эта гипотеза слабее: слово «байда» в русских говорах встречается редко, а тюркская основа для фамилий в Поволжье и на Урале — явление массовое. География фамилии подтверждает эту версию: Байдановы чаще всего встречаются в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане — регионах, где веками жили бок о бок русские и тюркские народы.

С точки зрения словообразования фамилия Байданов стоит в ряду однокоренных: Байдин, Байдуков, Байков. Все они восходят к тюркскому корню «бай», но суффикс -ан в основе Байдан выделяется — он характерен для тюркских имен с уменьшительным или ласкательным оттенком. В русской ономастике эта модель редка: обычно такие фамилии не переосмыслялись, а переходили в русский обиход в готовом виде, как Байрамов, Байсаров. Социальный статус предков Байдановых, скорее всего, был крестьянским или казачьим — в Оренбургском казачьем войске нередко служили люди с тюркскими корнями, и фамилия могла закрепиться именно в казачьей среде.

Правописание фамилии устойчиво: через «а» в первом слоге, с суффиксом -ов. Вариант Байданов (с двумя «н») встречается, но реже — он может указывать на украинское или белорусское происхождение, где суффикс -енко или -ук со временем заменялся на -ов. Однако для основной массы носителей фамилии типична именно форма с одной «н».