Фамилия Баданова происходит от прозвища Бадан. В костромских говорах так называли сенокосные угодья, поэтому первый носитель фамилии, скорее всего, занимался покосом травы. Мужской вариант фамилии — Баданов — образован с помощью стандартного русского суффикса -ов, указывающего на принадлежность («сын Бадана»).

Менее правдоподобная версия связывает прозвище с названием лекарственного растения бадан, которое за Байкалом употребляли вместо чая. Однако эта гипотеза слабее: фамилия имеет северное происхождение, а ареал растения — Сибирь и Алтай, то есть географически они почти не пересекаются.

Фамилия Баданова встречается преимущественно в центральных и северных регионах России. Встречается и вариант с ударением на второй слог — Бада́нова, что может указывать на диалектные особенности произношения в конкретной местности.