Фамилия Байдекина — женская форма фамилии Байдекин, и её происхождение связано с тюркскими корнями, что сразу указывает на географию и историю носителей. Основа фамилии — «байдек» или «байдеке», где «бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «знатный», а «дек» или «теке» может восходить к слову «козёл» или «горный козёл» (в тюркских языках «теке»). Таким образом, Байдекин — это, скорее всего, прозвище: «богатый, как козёл» или «знатный козёл», но не в обидном смысле, а как указание на упрямство, выносливость или гордый нрав. В ономастике такие составные прозвища с компонентом «бай» типичны для татарской, башкирской, казахской и других тюркских традиций, где «бай» часто присоединяли к названиям животных или качеств.

Суффикс «-ин» в фамилии Байдекин (и, соответственно, Байдекина) — русский патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Байдеки» или «из рода Байдеки». Это типичная модель для фамилий, которые возникли в среде крещёных татар или башкир, а также у русских, взявших прозвище от тюркского соседа. Фамилия редкая, и её бытование в основном фиксируется в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается и в Сибири, куда переселенцы принесли её в XIX–XX веках.

Одна из версий, которую стоит отбросить сразу, — связь с русским словом «байда» (лодка) или «байдарка». Фонетически «Байдекина» далека от этих форм, и тюркское происхождение здесь очевиднее, особенно с учётом распространённости конструкции «бай + животное». В словаре тюркских фамилий (например, у А. Суперанской) такие модели описаны как типичные для прозвищной номинации: прозвище могло закрепиться за человеком, который разводил коз, торговал ими или просто отличался упрямством.

Социальный контекст: носители фамилии Байдекины в основном относились к крестьянскому сословию, реже — к мещанству. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках по Казанской и Уфимской губерниям эта фамилия встречается среди государственных крестьян, приписанных к башкирским и татарским волостям. Дворянских ветвей или известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано — это «народная», а не аристократическая фамилия, что подтверждает её прозвищное, а не топонимическое или профессиональное происхождение.