Фамилия Байдеков — редкий случай, когда почти наверняка можно назвать не только основу, но и конкретный регион, откуда она пошла. Её корень — тюркское слово «байдак» или «байда». В тюркских языках это многозначное слово: так называли и лодку-однодеревку (долблёнку), и высокий шест, и даже вид оружия. Но для понимания фамилии важнее другое — географическая привязка. Прозвище Байдак было очень распространено в казачьей среде на Дону и в Запорожье. Там «байдаком» называли не только речное судно, но и вольного, гулящего человека, бродягу (отсюда и «байдикувати» — бродяжничать, бездельничать). Скорее всего, предок Байдековых получил такое прозвище за беспокойный нрав или, наоборот, за приверженность к речному промыслу.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: основа «Байдек» (украинский или южнорусский вариант с суффиксом -ек, уменьшительно-ласкательным или просто фонетическим) плюс типичный русский фамильный суффикс -ов. Если бы фамилия закрепилась в украинской среде, она звучала бы как Байдаченко или Байдак. Суффикс -ов указывает на то, что носители фамилии — либо потомки выходцев из южнорусских земель, либо фамилия была оформлена уже в великорусском делопроизводстве, когда казаков переписывали на русский лад.

Интересно, что фамилия Байдеков — довольно редкая. В отличие от массовой фамилии Байдаков, которая встречается и у донских казаков, и у терских, вариант с «е» во втором слоге (Байдеков) — это либо следствие местного говора (аканье или еканье), либо результат искажения при записи в метрических книгах. В любом случае, носитель такой фамилии с высокой вероятностью имеет корни в казачьих областях — на Дону, Кубани или в низовьях Волги. Никаких документальных подтверждений дворянского происхождения у этой фамилии нет, что тоже косвенно говорит о её простонародных, казачьих истоках.