Фамилия Балдеков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было не обидным, а ироничным или даже уважительным. Вопреки современному значению слова «балда» (глупый, бестолковый человек), в русских говорах XVIII–XIX веков у него был и другой смысл: «большой, тяжёлый предмет», «толстая дубина», а также «нарост, шишка». Прозвище Балдак могли дать человеку крепкого, грузного телосложения, либо упрямому и несговорчивому — того, кого не сдвинуть с места, как чурбан. В некоторых диалектах «балдак» означало ещё и «кожаный мешок для соли» или «кошель» — возможно, прозвище относилось к торговцу или человеку, который носил при себе такой мешок.

Суффикс -ек- в основе фамилии указывает на уменьшительную или обиходную форму имени или прозвища: Балдек — это Балдак в ласкательном или уничижительном варианте. Фамилия образована по стандартной патронимической модели на -ов: Балдеков буквально означает «сын Балдека». То есть предок носителя фамилии звался Балдек (вероятно, в быту так называли человека по прозвищу Балдак).

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где слово «балда» в значении «дурак» закрепилось позже, а в старину бытовали именно предметные значения. Встречается она нечасто, что типично для прозвищных фамилий с неочевидной, на первый взгляд, семантикой: многие носители могли сменить её на более благозвучную или просто исчезли из массовых переписей.

По сословной принадлежности предки Балдековых скорее всего были крестьянами или однодворцами. В документах XIX века фамилия могла записываться и как Балдаков — с сохранением исходного корня «балдак». Вариант с -ек- (Балдек) встречается реже и может указывать на конкретный говор или семейное прозвище, которое закрепилось в документах именно в этой форме.